
Il Ghirlandaio compì il lavoro monumentale negli anni previsti dal contratto. Egli, che all'epoca era il più famoso artista presso l'abbiente classe mercantile fiorentina, vi lavorò quindi tra il 1485 e il 1490 (come testimonia l'iscrizione sopra la scena dell'Annuncio a Zaccaria AN[NO] MCCCCLXXXX QUO PULCHE[R]RIMA [sic] CIVITAS OPIBUS VICTORIIS ARTIBUS AEDIFICIISQUE NOBILIS COPIA SALUBRITATE PACE PERFRUEBATUR, cioè "L'anno 1490 in cui la città bellissima per ricchezze, vittorie e attività, celebre per i suoi monumenti, godeva di abbondanza, buona salute, pace"), con l'aiuto della sua bottega nella quale figuravano altri artisti quali i fratelli David e Benedetto, suo cognato Sebastiano Mainardi e anche il giovanissimo Michelangelo Buonarroti, all'epoca appena adolescente

Vista la grandezza dell'impresa molto venne dipinto con l'ausilio degli aiuti, ma al maestro Domenico spettò il disegno di tutto il ciclo e la sorveglianza affinché lo stile finale risultasse omogeneo. Anche le vetrate furono fatte su suo disegno, e il tutto era completato da una magnifica pala d'altare a più scomparti, che oggi è divisa tra più musei

Nel 1804 la cappella maggiore venne ristrutturata; in quell'occasione andò dispersa la Pala Tornabuoni, che finì sul mercato antiquario approdando, smembrata, nei musei di Monaco e Berlino. Nel 1861 l'altare principale della basilica venne sorprendentemente messo in posizione avanzata nella cappella, al posto dell'antica collocazione a ridosso della parete. Si venne così a perdere il punto di vista ideale degli affreschi, che era proprio dove si trova l'altare.