Nel 1437 Cosimo commissionò a Michelozzo, architetto di fiducia di casa Medici, la ristrutturazione del convento secondo i canoni rinascimentali. Nel 1438 i lavori erano già ben avviati e la consacrazione definitiva avvenne durante la notte dell'Epifania del 1443, alla presenza di papa Eugenio IV e dell'arcivescovo di Capua e cardinale Niccolò d'Acciapaccio. Il convento faceva parte delle opere del nuovo assetto del quartiere nord del centro di Firenze (il "quartiere mediceo"), assieme al palazzo di famiglia ed alla basilica di San Lorenzo.

Affresco 'San Dominico adora la Crocifissione" pittore rinascimentale Beato Angelico (1440-1442) dipinto sulla parete presso il Convento di San Marco , ora Museo Nazionale a Firenze.

Ritratto Beato Angelio. È stato proclamato ufficialmente beato da papa Giovanni Paolo II il 3 ottobre 1982, anche se già dopo la sua morte era stato chiamato "Beato" sia per l'emozionante religiosità che pervade tutte le sue opere che per le personali doti di umanità e umiltà.^[2]^[5]^[6]

Fu Giorgio Vasari ne Le vite ad aggiungere l'aggettivo "Angelico".

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Il chiostro detto "di Sant'Antonino", costruito da Michelozzo prima del 1440 con quattro lati porticati e coperti da volte a crociera sorrette da slanciate colonne. Vi si affacciano da ovest in senso antiorario rispettivamente la chiesa, l'antico ospizio, la sala del refettorio e quella del Capitolo, accanto alla quale si trova anche l'accesso che porta al Cenacolo del Ghirlandaio, al lapidario, alle scale per il piano superiore ed all'uscita.

Le decorazioni più antiche sono quelle eseguite ad affresco da Beato Angelico in corrispondenza delle cinque lunette ogivali sulle porte che danno sul chiostro (la lunetta della porta della chiesa è staccata e si trova nella sala del Lavabo): San Pietro Martire che ingiunge il silenzio (sagrestia), San Domenico che mostra la regola dell'Ordine, San Tommaso d'Aquino con la Summa, Cristo pellegrino accolto da due domenicani e Cristo in pietà. Particolarmente significativo è poi il grande affresco, sempre dell'Angelico, della Crocifissione con san Domenico, nell'angolo nord-ovest.

Beato Angelico, Crocifissione con san Domenico

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Il Museo nazionale di San Marco è un museo statale italiano; ha sede nella parte monumentale di un antico convento domenicano sito in piazza San Marco a Firenze. La fama del museo, la cui architettura è un capolavoro rinascimentale, si deve soprattutto alla presenza di opere di Beato Angelico, presenti in tanti ambienti del convento. Un'ala è dedicata alla scuola di San Marco (Fra' Bartolomeo, Mariotto Albertinelli e i loro allievi), che pure vissero e lavorarono qui, mentre un'altra ospita il lapidario e i resti di edifici demoliti nel periodo del Risanamento di Firenze.